Если случилось так, что ваш антивирус или антивирусы ваших пользователей "реагируют" на ваш сайт, а так же если браузер Mozilla Firefox ставит заглушку-предупреждение на ваш сайт, а Google в выдаче метит ваш сайт, как тот, который может нанести вред вашему компьютеру, а вебмастер Яндекса высылает вам предупреждение о том, что ваш сайт заражён...

В первую очередь нужно ознакомиться с аллертами антивируса. Большинство антивирусов выдают достаточно полную информацию о блокировке того или иного объекта на сайте, так же заглушка Firefox-а и вебмастер Google и Яндекса имеют описания вредоносного кода обнаруженного у вас на сайте

Бывает так, что ваш сайт не заражен, а мог быть заражен сайт, который крутится у вас в рекламе (чаще всего такое случается с баннерными сетями или партнерками по обмену трафиком ), тем не менее вы можете получить аллерт антивируса. Сложность диагностики таких аллертов состоит в том, что баннеры и сайты подгружаемые кодом подобных партнерок могут постоянно меняться. Если вредоносный код обнаруживается у вас на сайте, тогда поисковики могут наложить фильтр на ваш сайт. Выглядит это так, что в выдаче под ссылкой на ваш сайт будет предупреждение о том, что сайт может нанести вред вашему компьютеру, а браузер Mozilla Firefox или Google Chrome или Opera будет при этом выдавать заглушку - предупреждение. В этом случае даже если сайт будет полностью очищен от вредоносного кода такие фильтры и заглушки могут висеть ещё очень долго. Чем быстрее будет очищен сайт - тем быстрее будет снят фильтр, а так же заглушки с браузеров

Если ваш сёрфинг по интернету сопровождается постоянной навязчивой рекламой, если вы на многих сайтах видите одну и ту же рекламу и видите её только вы (другие пользователи не наблюдают подобных отклонений), если вы пишете сообщения на форумах, чатах, гостевых и т.д и в ваши сообщения встраиваются посторонние ссылки или рекламные объявления, то есть если у вас сходные отклонения не на одном, а на целой серии различных сайтов, то стоит очистить свой компьютер от вирусов.

Если вдруг у вас на сайте появилось всплывающее окно, что-то на подобии формы входа, где нужно ввести логин и пароль, то естественно свои данные вводить не стоит, а стоит присмотреться к всплывающему окну, а именно к его адресу или заголовку. Адрес или заголовок такого окна всегда отличен от адреса и заголовка вашего сайта.

Для поиска транслятора всплывающего окна нужно проверить все модули, где у вас разрешен BB код для пользователей. Чаще всего подобное подсаживают через мини-чат с разрешенными BB-кодами в нем. Ваша задача найти инородную картинку (чаще всего смайлик)